Багатофункціональні контролери Joy-Con пропонують гравцям нові можливості для розваг. Кожен джойстик Joy-Con оснащений повним набором кнопок і може виступати в якості самостійного геймпада. Кожен контролер оснащений акселерометром, гіроскопом, а також підтримує функцію вібрації HD. Правий Joy-Con оснащений міткою NFC, що дозволяє зчитувати або записувати дані на amiibo. Набір включає в себе лівий Joy-Con, правий Joy-Con і два ремінця Joy-Con.